Центр було нагороджено Дипломами Міністерства охорони здоров’я СРСР та центрального комітету профспілки медичних працівників.
1981
Центр нагороджений Дипломами, грошовою премією та бронзовою медаллю виставки досягнень народного господарства (ВДНГ) УРСР та малою золотою медаллю ВДНГ СРСР.
1987
Нагороджений Дипломом Всесоюзного наукового товариства медичних генетиків.
2002
У лютому 2002 р. – нагороджений Дипломом лауреата Міжнародного академічного рейтингу популярності та якості «Золота Фортуна» у номінації «За вагомий внесок у справу організації допологової діагностики у практичній медицині України».
2010
За результатами проведення щорічного Загальнонаціонального проекту «Флагмани сучасної медицини» центр визнано Лауреатом та нагороджено дипломом «За вагомий внесок у розвиток іміджу охорони здоров’я».
2016
Колектив отримав грамоту митрополита Криворізького та Нікопольського Ефрема до 40-річчя центру.